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提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

俄罗斯学者:“中国奇迹”彰显中国制度优势******

  (中共二十大·声音)俄罗斯学者:“中国奇迹”彰显中国制度优势

  中新社莫斯科10月22日电 (记者 田冰)中共二十大22日在北京闭幕。俄罗斯科学院中国与现代亚洲研究所“俄罗斯、中国、世界”中心高级研究员安德烈·达维多夫在接受记者专访时表示,中国的制度优势创造了中国式发展奇迹。

  达维多夫表示,中共二十大报告聚焦了中国近年来发展成就和未来发展规划。今天,中国在国际舞台上的地位和影响,得益于过去十年在经济等各领域取得的重大成就。

  达维多夫指出,二十大报告中重申坚决反对一切形式的霸权主义和强权政治,反对冷战思维,反对干涉别国内政,反对搞双重标准。此外,中国致力于推动构建人类命运共同体,坚定维护国际公平正义,毫不动摇反对任何单边主义、保护主义、霸凌行径。这是中国、俄罗斯和国际社会构建多极世界的共同心声,是对霸凌式单极世界秩序模式的直接回应。

  达维多夫说,中国共产党成立至今的百年来,发生了许多重大历史事件,使中国共产党成为中国最有影响力和智慧的政治力量。他印象最深刻的是中国共产党建设中国特色社会主义所取得的伟大成就,以及中国共产党对中国社会的有效领导。他说,特别引人注意的是,在做出根本性决定时,中国共产党考虑到了整个中华民族心态的主要特征——平衡、规律性、稳步前行,避免了因匆忙、草率和考虑不周引发的后果。这就是中国的制度优势。

  “在我看来,正是这不同寻常的道路——中国特色社会主义道路,使中国模式对其他国家具有吸引力,为其他国家开辟了更广泛的交流借鉴机会,并指明了为更美好和更幸福的生活奠定基础的新途径和前景。”达维多夫说。

  谈到中俄关系时,这位学者表示,在过去十年中,俄中双方贸易额大幅增长,两国关系深度提升。但他认为,俄中关系进一步发展和加强的潜力仍存。除贸易和经济外,俄罗斯和中国在深化政治和人文等领域有着深厚基础,在扩大教育和科技创新交流方面拥有良好机遇。未来,双方应共同努力,再创辉煌。“两国人民应该意识到,俄中友好,不仅仅停留在言语上,而是体现在行动上,俄中友谊已经迈入新时代、新阶段。”(完)

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